地上波の放送を経て、Season2では、ゴーレムに占拠された終末世界を来美(中条あやみ)と共に生き抜いた響(竹内涼真)は、再び一緒に暮らし始めるが、響は謎の印が付けられたゴーレムの死体が増えているのに気づく。
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一方、臨床実験が原因で体に異変が出始めた来美は、自分の感染を疑っていた。そこにゴーレムのいないはずの島で仲間がゴーレム化する事件が発生、疑惑の目は来美に向けられ、再び仲間の間に亀裂が生じ、来美の症状は進んでいく――。
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今回到着した映像では、冒頭、ゴーレムから逃れ、平和を取り戻したかのように見えるが、来美に異変が現れる場面や、いるはずのないゴーレムの登場、仲間同士の絆にも亀裂が生じ始め、さらに仲間か敵かわからないシェルター「希望の家」の人物たちも登場。逃れようのない、新たな脅威が襲い掛かる様子が映し出され、映像終盤には響の「絶対諦めない。俺を信じて」という台詞が飛び出している。
「君と世界が終わる日に」Season2はHuluにて独占配信、毎週日曜日0時最新話配信開始。Season1はHuluにて全話独占配信中。