本作で山崎さんが演じる自閉症スペクトラムの一種で驚異的な記憶力を持つサヴァン症候群の青年・新堂湊は、幼い頃の事故で兄を亡くし、兄を救えなかった思いから小児科医を目指し、ついにレジデントとして小児外科の世界に飛び込む。
周囲の偏見や反発を受ける湊だが、上野さん演じる同僚の小児科医・瀬戸夏美の理解や支援を受け、子どもたちから人気者に。当初は湊に対し厳しく接していた藤木さん演じる小児科のエース・高山誠司もその能力を認めるように。そんな折、湊を虐待していた父がTVで湊の姿を見て病院を訪れ…というのがこれまでの物語。
※以下ネタバレを含む表現があります。ご注意ください。
16日放送の6話では、湊の父、航（遠山俊也）と湊が再会、湊は航と食事に行く約束をし、レストランも予約、航が現れるのを待つが、レストランに向かう航に司賀が電話、病院に呼び出し金を渡してもう湊の前に現れるなと告げる。湊はレストランの帰り際、航の姿を見つけ後を追うのだが、航からは「兄が死んだのはお前のせいだ」と言われてしまう。
湊が司賀に兄の死について問いただすと、司賀は湊の救命を優先したと告白。今まで即死だったと聞かされていた兄が自分のせいで死んだのかも、と考えた湊は激しく動揺してしまう。
一方、病院では胎児にリンパ管腫が見つかりこのままでは正常な分娩が出来ない妊婦を帝王切開し、分娩時に臍帯を切り離さず血行を確保したまま胎児に処置を行うEXITという手術を行うかどうかの決断が迫られていた。患者は自分の命より子どもを助けたいと望んでいたのだが夫は手術に反対。リスクを伴う手術に間宮啓介（戸次重幸）らも反対の姿勢で…というストーリー。
患者の妊婦役で出演した篠原ゆき子が以前「コウノドリ」でやはり妊婦役を演じ、その際は死産になるという展開だったのを踏まえ「この女優さんコウノドリの役の時も流産してて、今回のグッドドクターの役で無事に産まれてめちゃくちゃ泣ける」「コウノドリで悲しい思いした妊婦さんだった。今回は産まれてよかった。同じキャスティングって！」などのツイートが多数タイムラインに上がっている。
