これまで29本製作された国産ゴジラ映画や、2本製作されたハリウッド映画とも一線を画す、“誰も見たことのないゴジラ”が誕生するという本作。TVアニメーションとしては、これまでに米国にて1978年にアニメ・シリーズ「GODZILLA」を製作・放送、1998年にローランド・エメリッヒ監督によるハリウッド版第1作目「GODZILLA」の続編が「Godzilla: The Series」として製作・放送されていたが、アニメーション映画としては今回が世界初の挑戦となる。また、今回の映画化にあたり、静野孔文と瀬下寛之を迎えたW監督体制で行われ、そしてストーリー原案・脚本はTVアニメ「魔法少女まどか☆マギカ」の虚淵玄(ニトロプラス)が担当と日本アニメーション界一級のクリエイターが集結した。