西暦2045年。世界は第三次世界大戦を終え、この大戦で最も勢力を伸ばした『東亜共和国連邦』は更なる国家拡大を目論んでいた。それに対抗すべく創立された日本の機密機関『国家特別防衛課=トクボウ』の隊員(=クロウ)の一人である、阿佐美煉は、過去に妹を目の前で殺されたトラウマに今もなお、うなされる日々を送っていた。そんなある日、司令官である椿泰親からある任務を言い渡される。その内容は、ある組織に拉致された日本の友好国・トルジ共和国のニケ王子の救出。煉のバディである乃木杏莉、王子の側近のスカイと共に救出に向かう煉は、王子が捕らえられているDolceの研究所に辿り着くが、そこに現れた敵の最新兵器【ハイパーサイボーグ・バグ】の攻撃によって洗脳されてしまう。Dolceの代表である大迫由紀夫と秘書の福丸環の作戦によって味方と敵の区別もつかなくなってしまった煉は、味方である杏莉と対峙することに。一方、トクボウの秘密基地・NESTでは、トクボウに入ったばかりの蒼田三月がもう一人のクロウ、羅生聖護と共にCOLOR CROWになるための最終試験に向けて訓練をしつつ、煉たちの任務の後方支援をしていたが…。
ヨリコジュン